اتاق عمل بیمارستان آیت‌ا... مدنی در آبان ماه 1389 با ظرفیت یک اتاق عمل، ریکاوری و بخش CSSD به بهره برداری رسید. این اتاق عمل دارای تخصص های جراحی عمومی، زنان و بیهوشی می باشد که با 5 نفر پرسنل (3 پرسنل اتاق عمل و 2 پرسنل بیهوشی) اداره می شود.

ساعت شروع به کار اتاق عمل درشیفت صبح از 7:30 الی 13:30 بوده و با توجه به حضور متخصصین جراحی عمومی و زنان مقیم در بیمارستان، کلیه اعمال جراحی اورژانس عمومی و زنان در تمامی ساعات شبانه روز قابل انجام است و پرسنل به صورت آنکال انجام وظیفه می نمایند.